Thanatos n’apparaît que tardivement dans la série. Il entre pour la première fois en scène au chapitre 48 en compagnie de son frère et en profite pour déverser sa colère sur la pauvre Pandore, qui paie pour l’attitude déraisonnable d’Hadès. Tout comme son frère, il est chargé de préparer l’atelier de peinture spécialement destiné à la création du Lost Canvas et demande à la jeune femme d’en finir avec Tenma.
La tentative d’assassinat échoue. Thanatos et Hypnos se retournent une nouvelle fois contre Pandore. Ils n’hésitent pas à la manipuler en se servant de son amour pour Hadès pour se débarrasser momentanément de lui en l’emprisonnant. Désormais, les jumeaux divins règnent en maîtres sur l’armée d’Hadès.
Thanatos est également le créateur de la forêt irréelle dans laquelle Tenma et ses amis se retrouvent confrontés à des zombies de tout type, et notamment aux amis orphelins du chevalier Pégase. Par ailleurs, il a offert à Veronica de la Nasu un corps immortel, une fraction de sa puissance et la garde de ces bois.
On le retrouve lorsque Manigoldo du Cancer interrompt sa partie d’échecs contre son frère. Thanatos prend l’affaire en main et décide d’éliminer l’intrus à l’aide d’illusions qui prenent l’apparence de pièces d’échecs. Cette méthode est rapidement mise à mal par le Seki Shiki Kisouen du chevalier d’Or. Il tente alors de désintégrer Manigoldo en l’envoyant dans la dimension menant au monde des dieux mais l’intervention de Sage le fait échouer. Ne craignant pas plus son nouvel ennemi, il utilise le Tartaros Phobia, également déjoué par le Seki Shiki Konsou Ha de Manigoldo. Le dieu en ressort avec quelques égratignures…
Désirant châtier ses ennemis pour venger ce blasphème, il utilise sa plus terrible technique, la Terrible Providence ! Il blesse gravement Manigoldo et endommage sérieusement son armure d’or, malgré l’intervention de Sage. Le chevalier du Cancer frappe alors violemment le dieu au visage. Ce dernier entre dans une colère noire et rouvre les portes de l’autre dimension pour en finir une bonne fois pour toutes avec ses ennemis !
Sage et Manigoldo tentent alors le tout pour le tout. Ils se mettent à utiliser les Cercles d’Hadès à répétition contre Thanatos. Son âme est alors séparée de son corps à plusieurs reprises. Le dieu annonce que ce corps n’est pas sa véritable enveloppe charnelle qui, elle, se trouve à Elysion. Alors que Thanatos se prépare à retourner dans ce corps, vidé de toute substance divine, le chevalier du Cancer l’attrape et disparaît avec lui dans la dimension. Le dieu est désormais sans enveloppe charnelle. Il tente de prendre possession du corps de Sage mais celui-ci résiste grâce au cosmos qu’il a accumulé dans l’armure de l’Autel, empruntée à son frère, et, sacrifiant sa vie, enferme Thanatos dans un coffret. Le dieu a été vaincu par les mortels…
Côté étymologie, notre Thanatos est bien évidemment une référence directe au Thanatos de la mythologie grecque. Son nom, Θάνατος [Thánatos], signifie « Mort » en grec ancien. Rien de plus normal pour celui qui en est la personnification.